一、歸集用途不同

在高新技術企業認定時，歸集研發費的目的在于計算研發費占銷售收入的比例是否符合規定，這是申請時的一項必備條件;而加計扣除政策中，歸集研發費是為了按其發生額的50%，在計算應納稅所得稅時加計扣除。

二、歸集要求不同

高新技術企業的研發費需在認定或匯繳備案時報送《企業年度研究開發費用結構歸集表》等相關資料;而加計扣除的研發費在享受加計扣除優惠時需履行備案手續，填報《可加計扣除研究開發費用情況歸集表》等相關資料。  

兩者雖為同一研發過程中發生的費用，但八大項費用的具體歸集口徑不同。總體來說，高新企業認定研發費的口徑大于加計扣除中研發費的口徑，兩者之間的差異主要體現在： 
     (一)人員人工。加計扣除中人員人工只包括研發人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼，而高新認定除上述內容外，還將企業繳納的研發人員基本社會保險費用、公積金補助費、外聘研發人員的勞務費用等與其任職或者受雇有關的其他支出也列入研發費中。 
     (二)直接投入。加計扣除中的直接投入包括材料、燃料、動力費用以及專門用于中間試驗和產品試制的模具、工藝裝備開發制造費。而高新認定中除上述內容外，還包括試制產品的檢驗費、用于研究開發活動的儀器設備的簡單維護費等。 
     (三)折舊費用和長期待攤費用。加計扣除中該項只包括專門用于研發活動的儀器、設備的折舊費或租賃費。而高新認定中還包括研發在用建筑物的折舊以及研發改建、修理中的長期待攤費用。 
     (四)委托外部研究開發費用。高新認定規定的研發費第七項為“委托外部研究開發費用”，而加計扣除的規定中則沒有這一項。兩者對委托外部研究開發費用的處理是不同的，前者要求委托外部研究開發費用發生額的80%計入研發費用總額。后者要求委托開發的研發項目，由委托方按照規定計入研發費用，并無比例的要求，且在歸集時要求受托方提供相應的費用支出明細表。 
     (五)其他費用。由于高新認定時采取了不完全列舉的方法，而加計扣除則采取正列舉的方法，所以加計扣除政策中未列舉的項目，都不允許計入加計扣除的范圍。而高新認定中的研發費還包括為研究開發活動所發生的其他費用，如辦公費、通訊費、專利申請維護費、高新科技研發保險費等。